Il bacino del Kalahari brulica di invertebrati, in anni in cui piove a sufficienza, durante la stagione delle piogge, sulle praterie si riversano sciami di locuste; inoltre è possibile assistere alle migrazioni di massa delle farfalle.
Le innumerevoli termiti demoliscono e portano via la vegetazione morta che si trova sul terreno; questi minuscoli insetti sono fondamentali per l’ecosistema dei Makgadikgadi Pan, non solo perché fertilizzano il terreno e lo ripuliscono, ma anche perchè sono le prede di molti animali, dagli oritteropi (aardvark) alle aquile delle steppe (steppe eagle), dalle scincidi (skink) ai ragni, che vivono in questo territorio che, senza le termiti, non riuscirebbero a sopravvivere.
Nei Makgadikgadi Pans, in Botswana, sono presenti 14 specie di termiti, ognuna di esse ha una modalità differente per nutrirsi e per nidificare: le termiti mietitrici (harvester termites) nidificano nei cunicoli sotto terra; mentre le termiti odontoterme (odontoterme termites) costruiscono enormi cumuli di terreno, che possono essere visti a distanza, questi termitai sono una vera opera di ingegneria.
Tra i tanti insetti presenti in questa zona c’è il coleottero polifago senza ali (wingless tenebrionid beetle), che solitamente corre veloce sulla superficie del terreno, utilizzando le sue lunghe zampe, inoltre secerne un fluido nocivo per difendersi da chi lo attacca.
Più facile da avvistare, anche grazie alle sue dimensioni, è lo scarabeo stercorario (dung beetle), spesso lo si può veder ronzare (swarm) sopra lo sterco fresco degli animali, oppure mentre crea delle palle di sterco per poi poterle trasportare, facendole rotolare con le sue possenti zampe posteriori; lo scarabeo stercorario utilizza lo sterco per deporvi le uova e per far crescere le sue larve.
Nelle calde giornate estive dai cespugli si odono i richiami striduli delle cicale; gli adulti hanno solo due settimane della loro vita per accoppiarsi e per depositare le proprie uova, dopo aver trascorso più di 17 anni nello stato di larva.
Le termiti e gli altri insetti sono una fonte di cibo importante per gli invertebrati predatori, come i ragni e gli scorpioni.
Gli Ammoxenidae o ragni della sabbia (sand diver) sono piccoli e si muovono molto velocemente, riescono a paralizzare le termiti con il loro veleno; se vengono disturbati si nascondono nella sabbia.
La Nephila o golden orbweb spider è un ragno di grandi dimensioni, che tesse una tela molto resistente tra i tami dei cespugli per catturare gli insetti volanti.
Il solifugo, o ragno del sole (sun-spider or solifuge), a differenza di tutti gli altri ragni, non è velenoso e solitamente cattura le sue prede correndo ad elevata velocità sul terreno per poi afferrarle con le sue enormi mandibole; a volte è possibile avvistarlo di notte in prossimità del fuoco.
Gli scorpioni sono in grado di identificare le loro prede attraverso le loro vibrazioni che riescono a percepire grazie ai peli che hanno sul loro corpo.
Gli scorpioni che hanno grandi pinze e una coda più sottile, anche se sembrano più minacciosi, sono meno velenosi; mentre quelli che hanno pinze più sottili e la coda più massiccia sono molto più velenosi.
