Alla fine del XIX secolo il Botswana fu teatro delle rivalità tra inglesi, tedeschi e boeri e, in seguito alla Conferenza di Berlino del 1885, venne dichiarato un Protettorato Britannico e gli venne dato il nome di Bechuanaland, che letteralmente significa “terra dei Bechuana”, ossia Batswana o Tswana.
Il Bechuanaland venne successivamente suddiviso in due parti.
La parte del paese a sud del fiume Molopo divenne il Bechuanaland Britannico e, nel 1895, divenne parte della Penisola del Capo, oggi questo territorio fa parte del Sudafrica e il fiume Molopo segna parte del confine tra Sudafrica e Botswana.
La parte a nord dei fiumi Molopo e Limpopo invece assunse il nome di Protettorato del Bechuanaland, a cui vennero aggiunte alcune terre nella parte orientale nel 1890, territori rivendicati dagli Ndebele.
Inizialmente la Gran Bretagna era intenzionata ad affidare l’amministrazione del protettorato al Sudafrica o alla Rhodesia, ma gli Tswana si opposero a questa scelta e quindi il Protettorato rimase sotto il diretto controllo della corona fino all’indipendenza e venne amministrata, dal 1891 in poi, insieme al Lesotho e allo Swaziland, dall’Alto Commissario del Sudafrica.
Durante il periodo coloniale, la capitale era Mafeking, oggi Mafikeng, questa città si trovava nel Bechuanaland Britannico e quindi, quando questo passò sotto il controllo del Sudafrica, si verificò una anomalia curiosa: la capitale del paese si trovava, di fatto, al di fuori del territorio del paese stesso.
Nel 1895 la British South Africa Company di Cecil Rhodes cercò di comprare l’attuale territorio del Botswana, ma tre capi Tswana si recarono a Londra per protestare contro questa possibilità e quindi non venne dato seguito alla vendita.
L’Alto Commissario del Sudafrica venne gestito prima dal Governatore della Provincia del Capo, poi dal Governatore Generale del Sudafrica e in seguito da alcuni Governatori e Commissari Britannici, fino all’anno dell’indipendenza.
Il Protettorato del Bechuanaland ebbe nel 1960 la sua prima Costituzione, che venne modificata 5 anni dopo, in vista della concessione dell’indipendenza nel 1966; sempre nel 1965 la capitale venne spostata a Gaborone che, a differenza di Mafikeng, si trovava all’interno del territorio del Protettorato.